糖鎖の分解

Registration

登録時

When a new glycan structure is registered, one fairly complex process that occurs is the breaking down of the components. Components in this case can be any unit piece of a Glycan, such as a monosaccharide. These can include substituents as well as the linkage information.

GlyTouCanに糖鎖構造を登録する時のコンポーネント分解フローの詳細を説明します。

Flow

新規登録のフロー

＊開発済み

Aglyconはスコープ外

RDF提案

<Saccharide>
	a	glycan:saccharide
	glytoucan:has_primary_id	"accession number"  ## もう使わないけど、とりあえず残す
	glycan:has_component	<Component>

<Component>
	a	glycan:component
	glycan:has_cardinality	integer
	glycan:has_monosaccharide	<glycoRDF:Monosaccharide>

<glycoRDF:Monosaccharide> #=> wurcsの文字列が入るURI
	is_type1 true/false
	rdfs:label “ReadableName”
	glycan:has_alias	<Monosaccharide alias>

<Monosaccharide alias>
	a	glycan:monosaccharide_alias
	glycan:has_monosaccharide_notation_scheme glycan:monosaccharide_notation_scheme_carbbank 
	glycan:has_alias_name "monosaccharide alias name"
"# "monosaccharide alias name" => Gal-ol"

注意点：現在glycoRDF:MonosaccharideのURIは、下記の通り：

<http://www.monosaccharidedb.org/rdf/monosaccharide_alias.action?scheme=IUPAC&name=Gal-ol>
<http://www.monosaccharidedb.org/rdf/monosaccharide_alias.action?scheme=CARBBANK&name=Gal-ol>

重複がないか確認する必要があります。

WURCSRDFが生成する単糖のRDF

WURCS-MS-RDFのライブラリーにある、WURCSシーケンスら単糖データのRDFを生成する

Glycan Format Converterではない？

<wurcs:Monosaccharide> #monosaccharide residue
	a          wurcs:Monosaccharide
	noc:is_type	2
	noc:is_modified	false

<wurcs:Monosaccharide> URIのサンプル

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/wurcs/2.0/Monosaccharide/Aad211d2h-2a_2-6_5%2ANCC%2F3%3DO>

ComponentGenerator

上記の単糖データを利用してタイプ別にコンポーネントを作成します。

SPARQL:

MonosaccharideDBから取得場合：

WURCSのResidue文字列でRDFを取得：

http://www.monosaccharidedb.org/rdf/monosaccharide.action?name=Aad211d2h-2a_2-6_5%2ANCC%2F3%3DO

Cardinalityの計算

新しいGlycoRDFの変更点

最初の設計書

n-core glycan compositionのサンプル