このSPARQL Queryは、GlyTouCanの糖鎖構造のエントリー画面にあるRelated dataにあるMonosaccharideの情報を取得するクエリです。
Monosaccharide alias nameとは、単糖名のことです。
alias nameという呼び方をするのは、CarbBank, IUPAC, GlycoCT, Glycosciences.de, BCSDB, MonosaccharideDB, CFGといったNotation schemaが存在するからです。
主にこのNotation schemaはMonosaccharideDB(MsDB)のRDFで使われています。
MsDB RDF
Input
Sample Accession number : G00051MO
?glycan glytoucan:has_primary_id "Input Accession number"
Output
| Variable | Data |
|---|---|
| ?ComponentName | Monosaccharide alias name by MsDB |
| ?Cardinality | Cardinality of Monosaccharide |
## Monosaccharide
SELECT DISTINCT ?ComponentName ?Cardinality
FROM <http://rdf.glytoucan.org>
FROM <http://rdf.glytoucan.org/core>
FROM <http://rdf.glytoucan.org/ms/carbbank>
WHERE{
# Accession Number
?glycan a glycan:saccharide.
?glycan glytoucan:has_primary_id "G00051MO" .
?glycan glycan:has_component ?comp .
?comp glycan:has_cardinality ?Cardinality .
?comp glycan:has_monosaccharide ?mono .
?mono glycan:has_alias ?msdb .
?msdb glycan:has_alias_name ?ComponentName .
}